参考答案：B

解析：

乙物种的灭绝不一定导致甲物种的灭绝，反之亦然，A错误；在长期进化中，甲、乙两物种相互选择，共同进化，B正确；甲物种基因的突变必然导致种群基因频率的改变，与乙物种基因的突变无关，C错误；甲、乙个体数的长期稳定说明两个种群没有产生新物种，不能说明它们的基因频率没有改变，D错误。

考点：本题考查生物进化的相关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。