（1）、生物多样性包括生物种类的多样性、基因的多样性和生态系统的多样性．基因的多样性是指物种的种内个体或种群间的基因变化，不同物种之间基因组成差别很大，同种生物如野生水稻和普通水稻之间基因也有差别，每个物种都是一个独特的基因库．我国动物、植物和野生亲缘种的基因多样性十分丰富，为动植物的遗传育种提供了宝贵的遗传资源．如我国科学家袁隆平用野生水稻与普通水稻杂交，培育出了高产的杂交水稻，就是利用了基因的多样性，也体现了生物的可遗传变异在农业生产上的应用．

（2）、体细胞中染色体是成对存在，在形成精子和卵细胞的细胞分裂过程中，染色体都要减少一半．而且不是任意的一半，是每对染色体中各有一条进入精子和卵细胞．生殖细胞中的染色体数是体细胞中的一半，成条存在．当精子和卵细胞结合形成受精卵时，染色体又恢复到原来的水平．据此，普通水稻的体细胞中有24条染色体，那么它所产生的生殖细胞中所含染色体数是12条．

（3）用长穗水稻与短穗水稻杂交，其后代都是短穗，说明短穗是显性性状，长穗是隐形性状．如果控制水稻短穗与长穗的基因分别用A和a表示，那么亲代长穗水稻的基因组成是aa，亲代短穗水稻的基因组成是AA或Aa，短穗水稻与长穗水稻进行杂交，其基因分解图如下：

可见，无论是AA还是Aa与长穗水稻aa杂交，其后代短穗水稻的基因组成都是Aa．

故答案为：（1）基因；可遗传变异 

（2）12   

（3）aa；Aa