甲因涉嫌贪污罪而被人民检察院立案侦查，后被取保候审。甲在取保候审期间严重违反有关规定，人民检察院认为需要变更为逮捕措施。对此，正确的做法是( )。

A．由人民检察院决定逮捕
B．由公安机关决定逮捕
C．由人民检察院执行逮捕
D．由人民检察院报请人民法院决定逮捕

刘飞，男，15岁，自幼父母双亡，跟其爷爷、奶奶长大。刘飞常到邻居万某(无业人员)家玩耍。2003年5月11日早晨8点，万某带刘飞到某地铁人口处，并指使刘飞抢走行人刘某的书包一个，内装有身份证件和现金3000元。5月25日，万某又指使刘飞望风，万某及其同伙3个潜入某职工宿舍，窃走各种物品10件，价值5000元。6月3日，万某带刘飞乘公共汽车时，唆使刘飞扒窃2次，窃得现金1200元。6月20日，万某一伙5人带刘飞在一家饭馆吃饭，同饭馆工作人员发生口角。殴斗中，万某交给刘飞匕首一把，并示意刘飞将被害人扎成重伤。公安机关接到报警，在饭馆当场将万某6人抓获归案。　　在侦查阶段，刘飞在第一次审讯中，就交代和揭发了万某等人的抢劫、盗窃和故意伤害等犯罪事实。办案人员李某在对刘飞的4次讯问中，刘飞的法定代理人(刘飞的爷爷)均到场。刘飞要求请律师为自己提供法律帮助，但李某不允许。　　该案在移送起诉后，检察院案件太多，无暇顾及刘飞一案。2个月后，一名检察员才抽出时间将侦查机关的起诉意见书的开头和结尾加以改写，未对案件进行审查即向人民法院提起公诉。　　人民法院接到起诉书20天后，开庭公开审理了此案。在审判阶段，刘飞聘请律师某甲、某乙担任其辩护人。庭审过程中，刘飞的律师发现合议庭的审判员丁某是万某母亲的亲戚，要求丁某回避，审判长认为符合法定回避理由，当庭决定丁某回避。2003年9月20日人民法院在看守所对刘飞、万某等6人进行宣判，并将刘飞和万某等人一起交付监狱执行。

本案侦查阶段，公安机关的哪些做法不符合法律规定，为什么