A、金刚石和石墨都是由碳元素组成的不同单质，不是同一种物质，故A错；

B、碳原子的排列方式不同引起不同的物理性质，故B正确；

C、金刚石和石墨化学性质相似，物理性质差别很大，故C错；

D、金刚石和石墨都是由碳元素组成的不同单质，是一种元素，故D错．

故选：B．