A、在同素异形体组成的混合物中，仍满足只有一种元素，但该物质不是单质，而是混合物，如氧气和臭氧组成的混合气体，其组成元素只有氧元素一种，该气体为两种气体组成的混合物；故本选项错误；

B、酸中一定含有H⁺，而碱中一定含有OH^-，所以两者中一定含有的元素是一种元素，即氢元素；故本选项错误；

C、混合物含有多种物质，与元素的种类无关，金刚石与石墨的混合物就只含一种元素；故本选项故错误；

D、因质子在原子核内，不会发生变化，则同种元素的原子和离子的质子数相同，故本选项正确；

故选D．