参考答案：B

解析：

《计算机软件保护条例》第十一条规定，"接受他人委托开发的软件，其著作权的归属由委托人与受托人签订书面合同约定；无书面合同或者合同未作明确约定的，其著作权由受托人享有"。本题中双方商定的协议中未确定软件著作权的归属，因此，软件著作权属于受托方软件公司，但是委托人可以享有该软件的使用权。