参考答案：D

解析：

突变和基因重组、自然选择及隔离是物种形成的三个基本条件，所以物种的形成必需经过隔离，至少是生殖隔离，A错；生物进化过程的实质在于种群基因频率的改变，B错；自然选择决定生物进化的方向，C错；自然选择通过作用于个体而影响种群的基因频率，D正确。

考点：本题考查现代生物进化理论的相关知识，意在考查考生理解现代生物进化理论知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。