参考答案：B

解析：

已知DNA分子的一条链上胞嘧啶比腺嘌呤多60%，设腺嘌呤占该链碱基总数的比例为X，则胞嘧啶占该链碱基总数的比例为（1+60%）X。又已知该链的胞嘧啶和腺嘌呤之和占DNA分子碱基总数的39%，则该链的胞嘧啶和腺嘌呤之和占该链的碱基总数的比例为78%，即X+（1+60%）X=78%，X=30%，所以腺嘌呤占该链碱基总数的比例为30%，胞嘧啶占该链碱基总数的比例为（1+60%）×30%=48%，根据碱基互补配对原则，这个DNA分子的另一条链上鸟嘌呤占这条链碱基总数的比例=胞嘧啶占该链碱基总数的比例=48%。故选B

考点：本题考查碱基互补配对原则的应用。