答案：C

A、丙是由元素B组成的单质，故丙分子中元素的化合价为零，故正确

B、物质甲的分子由3个A原子和1个B原子构成，即物质甲是由A、B两种元素组成的化合物；故B正确；

C、微观反应图中没有给出乙物质的分子构成，因此，不能因此得出反应中原子种类发生了改变的结论；故C不正确；

D、根据质量守恒定律，化学变化前后原子种类、数目不变，反应前反应物的2个分子中共有6个A原子、2个B原子，而反应后生成物丙的1个分子中含2个B原子，则生成物乙的3个分子中应含6个A原子，则每个乙分子中含2个A原子；故D正确；

故选C．