参考答案：B

解析：

由于盒子最后都是54颗，可见从甲盒中取出放入乙盒之后，乙盒子里面总共有棋子54÷＝72(颗)，假设甲盒原有棋子x颗，可列方程为(108-x)+x＝72，解得x＝48，故选B。