A、一片树林，即包括了树林所在的环境，又包括了此环境中所有的生物，是一个完整的生态系统，故不正确；

B、一条金鱼，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物植物、细菌、真菌，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，故正确；

C、一块农田，即包括了农田所在的环境，又包括了此环境中所有的生物，是一个完整的生态系统，故不正确；

D、一个湖泊，即包括了所在的环境，又包括了此环境中所有的生物，是一个完整的生态系统，故不正确．

故选：B