参考答案：C

解析： 总税务司主要负责管理税务；澎湖巡检司是元朝时所设，管辖当时的澎湖和琉球；理藩院是清朝时设立的，掌管少数民族事务；军机处是清代官署名，是清朝中后期的中枢权力机关。