参考答案：C

解析：分析该题目，大量鱼类短期内突然死亡，首先考虑是水中有毒物存在。水中的致病微生物存在、营养物质的缺乏、水的酸碱度异常均不会导致短期大量鱼类的死亡，因而排除ADE；而投入有机肥虽然可以经需氧生物的分解，导致水肿溶解氧的下降，但不可能在短时间大幅度的下降，排除B。因此本题选择C。