A、卢瑟福根据α粒子散射实验提出了原子的核式结构模型，故A错误；

B、汤姆生在研究阴极射线时，发现了电子，从而提出了原子的“枣糕模型”，故B错误；

C、原子与分子很小，原子直径的数量级是10^-10m，原子核直径的数量级是10^-15m，故C正确；

D、质子与中子质量相差不大，几乎相等，但电子质量远小于质子与中子质量，故D错误；

故选C．