A、红墨水在水中散开，是扩散现象，说明了组成物质的分子在不停地做无规则运动，故该选项说法正确；

B、磁铁能够吸引铁钉，是由磁体的性质决定的，与分子间的引力没有关系，故该选项说法不正确；

C、分子是由原子组成的，原子是由原子核和电子组成的，原子核是由质子和中子组成的，因此在质子、氢原子和水分子中，尺度最小的是质子，故该选项说法不正确；

D、宇宙是一个有层次的天体结构系统，但宇宙没有中心，无论是地心说还是日心说，都是不正确的，太阳并非宇宙中心，而是太阳系的中心，故该选项说法不正确．

故选A．