A、能直接构成物质的粒子有三种：分子、原子、离子，物质由哪种粒子直接构成，它的化学性质就由哪种粒子保持，所以错误．

B、化学变化时分子破裂成原子，原子重新组合成新的分子，即原子是化学变化中的最小粒子，所以正确．

C、原子是由质子、中子和电子构成的，可以再分，不过是通过化学变化不能再分，所以错误．

D、由原子直接构成的物质，原子保持其化学性质，物质的物理性质不能由单个的粒子保持，所以错误．

故选B．