ABC会计师事务所承接了甲公司2011年度财务报表的审计业务，并委派A注册会计师负责该审计项目。甲公司2011年度审计前的财务报表反映的资产总额为10000万元，股东权益总额为3600万元，利润总额为500万元。在审计过程中，A注册会计师发现甲公司存在下列事项：
(1)甲公司2011年5月购入M公司股票50000股，购买价为每股16.78元，2011年12月31日，M公司股票的收盘价是7.29元，甲公司财务报表短期投资期末余额列示为839000元；
(2)甲公司财务报表上列示存货为6789万元，A注册会计师要求甲公司提供存货明细表，甲公司提交的存货明细表显示存货类别仅有一种，是型号为KHOIRT—1987的仪器，据甲公司管理层称这是一种精密度极高的高科技设备，主要川于测量大气污染的各项指数。当A注册会计师提出要求对存货进行盘点时，甲公司管理层以这些存货存放在郊县仓库为由拒绝了盘点要求，仅给审计项目组展示了几台样机；
(3)甲公司K期投资在财务报表上列示的金额是1000万元，系对N公司的股权投资，根据股权投资协议显示甲公司在N公司的持股比例达到26.85%，甲公司对该长期投资采用了成本法核算；
(4)A注册会计师对甲公司所有金额超过5000元的应收账款顾客实施了函证，除了向P公司发出的函证始终没有收到回函之外，所有函证回函都表明应收账款余额是正确的。A注册会计师设法实施了替代审计程序对P公司的应收账款余额进行了确认；
(5)甲公司的丁厂在生产过程中对周边土地造成了环境污染，由于当地政府并没有环境污染整治的相关法规，甲公司多年来都未对造成的环境污染进行任何的整治。2010年开始，在当地群众的强烈要求下，地方政府开始起草相关的环境污染整治法规，该法规已于2011年10月发布了征求意见稿，向社会公众征求意见的期限为六个月。如果按照该法规要求，甲公司必须将多年来对周边土地造成的污染一并清理，预计清理费将高达200万元。甲公司管理层称该法规尚未正式颁布，因此拒绝在2011年财务报表中披露该事项；
(6)甲公司销售产品的商标已在国家商标权管理机构注册，但是当甲公司的海外分公司在海外使用该商标时，当地一家公司提出其持有该商标在当地的合法商标权，甲公司提出2年前已与该公司的中国分公司签订了商标权转让协议购买了该商标在当地的商标权。2011年12月，该公司将甲公司告上法庭，由于双方各持异词，案件到审计现场工作结束之日并未宣判。如果甲公司败诉，可能需要支付巨额的赔偿金，律师称根据目前的情况该案件双方都有胜诉的可能，因此甲公司管理层仅在财务报表附注中进行了披露。
[要求]
假定A注册会计师发现的上述事项是相互独立的，指出A注册会计师针对上述每一种情形应当分别出具的审计意见类型，并简要说明理由。