A、分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小，因为有的原子很小，有的原子很大，有的分子很小，有的分子很大．故A不正确；

B、分子和原子都在不停的运动，但运动的快慢不能直接的比较，它由构成的物质和外界条件决定．故B不正确．

C、分子与原子的本质区别是：在化学反应中，分子可分，而原子却不能再分．故C不正确．

D、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别，故D正确．

故选D