参考答案：B

解析：

考查的知识点是违约金和损害赔偿的关系问题。

本案中，甲能否同时主张违约金（6000元）和经营损失的赔偿（3000元）呢？根据《合同法》第114条规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。如果约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求予以适当减少。

这里的违约金在很大程度上具有“补偿性”，也就是补偿守约方因对方违约所造成的损失数额，如果违约金数额过分高于损失，可以请求予以调减。而《合同法》第113条第1款规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”该损害赔偿规定具有明显的补偿性，即使得因债务人违约而蒙受损害的一方，在经济上处于该合同得到履行时同等的地位。

根据有关学理分析，在当事人在合同中约定违约金的情况下，守约方在主张权利时，只能在违约金和赔偿损失之间选择一种救济方式。具体选择哪种方式，由当事人自己来选择；当事人往往会选择一种对自己最为有利的赔偿方式。但无论在哪种情况下，守约方都不能既要求违约方承担违约金，又要求违约方承担赔偿损失的责任，而只能选择一种主张自己的权利。

由此，只有选项B符合题意。ACD都是干扰项。