A、由于水中含有水分子，氯化钠溶液中含有氯离子，这两种物质都不能使石蕊试液变红，说明水分子和氯离子不能使石蕊试液变红，从而说明稀盐酸中使紫色石蕊试液变红的粒子是氢离子，故设计合理；

B、向滴有紫色石蕊试液的稀盐酸中滴加氢氧化钠溶液，溶液中的粒子发生了改变，水分子和氯离子都没有变化，氢离子没有了，溶液由红色变成了紫色，说明溶液颜色的变化和氢离子有关，故设计合理；

C、通过第一组实验可以看出，盐酸和硫酸中都含有氢离子和水分子，而变红，说明可能与氢离子或者水分子有关，或者两者的共同作用结果．而氯化钠和盐酸的对比，可以看出由于两者都含有水分子和氯离子，所以盐酸使石蕊变红，而氯化钠溶液不能使石蕊变红，说明与水分子和氯离子无关．所以可以得出氢离子使石蕊变红．硫酸钠和硫酸的对比，说明变红一定与水分子和硫酸根离子无关，本实验可以不做，做了使结论更具有说服力，故设计合理；

D、由于该实验分别设计了水、硝酸钠溶液不能使石蕊试液变红，说明水分子和钠离子不能使石蕊试液变红，稀盐酸和稀硫酸都能使石蕊试液变红，从而说明了氢离子使石蕊试液变红的．由于盐酸中不含钠离子和硝酸根离子，所以做硝酸钠的对比实验是不必要的，故D设计不合理．

故选D．