参考答案：D

解析：本题考查的是行政诉讼中法律冲突的适用规则。其中有一条：不同层级的法律规范发生冲突时，人民法院应当选择适用效力层级高的行政法律规范。本题中省政府制定的规章效力高于省会城市人民政府制定的规章的效力，人民法院应当参照并适用前者。考生做本题时不要受《行政诉讼法》第五十三条第二款的影响，该款规定的是地方政府制定的规章和国务院部、委制定的规章发生冲突的情况，故选D。