A、一个梨是果实，是由不同的组织构成的器官，属于六大器官之一，故错误．

B、一株玉米是由根、茎、叶、花、果实和种子等器官构成的一个植物体，故错误．

C、一个番茄是果实，是由不同的组织构成的器官，属于六大器官之一，故错误．

D、洋葱表皮是由形态相似，结构、功能相同的表皮细胞联合在一起形成的一个细胞群，有保护作用，属于保护组织．故正确，符合题意．

故选：D