A、木已成舟只是形状发生了变化，没有新物质生成，属于物理变化，故A错；

B、百炼成钢是通过化学变化，使生铁中过量的碳杂质除掉，有新物质生成，属于化学变化，故B正确；

C、水到渠成是指水流到的地方自然形成一条水道，没有新物质生成，属于物理变化，故C错；

D、铁杵成针只是物质的形状发生了改变，无新物质生成，属于物理变化，故D错．

故选B．