（1）袁隆平的杂交水稻“籼稻9311”品种是通过杂交获得的水稻新品种，是控制不同性状的基因重新组合．

（2）用果大油少的油茶与果小油多的油茶进行杂交，培育出果大油多的油茶品种，是在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合，属于基因重组．

（3）用一定剂量的放射性钴照射小麦的种子，属于用射线诱导发生基因突变，产生可遗传变异的过程，因此用这种方法培育小麦新品种的过程是属于基因突变．

（4）三倍体无籽西瓜是用普通西瓜在幼苗期用秋水仙素处理，得到四倍体西瓜，把四倍体作为母本，普通西瓜为父本，杂交产生三倍体西瓜；它属于染色体变异．

故答案为：（1）①

（2）①

（3）②

（4）③