参考答案：D

解析：本题考核的知识点为“工程承包制度、工程分包制度”，详见教材P40—41。 正确选择本题答案的关键是看清题干，甲公司承包工程后又与乙公司签订“承建该工程的主体部分”的施工合同，不是全部工程，属于分包性质，而不属于转包性质。排除了AB的可能性。该分包是否有效的关键看其是否存在违法行为，由于该分包的内容属于工程的主体部分，且该分包没有经过建设单位的认可，有违分包工程的相关规定，所以该合同无效。因此，正确答案为D。