参考答案：A

解析： 根据题意，可确定他们工号的个位数分别为1，2，…，9，0。每个人的工号都能被他们的成绩排名整除，设工号的前三位为a，第1，2，5，0位可不用考虑，则10a+3能被3整除，10a+4能被4整除，…，10a+9能被9整除，故a为3，4，6，7，8，9的最小公倍数，最小公倍数为504，则工号分别为5041，5042，5043，…，5049，5050，第三位员工工号所有数字之和5+0+4+3=12。故选A。
另解：本题也可以用代入法，先确定工号的尾数为1，2，…，9，0，则第三名员工的工号加6之后是9的倍数，分别代入选项，只有A符合。故选A。