A、3时30分时，时针与分针间有2.5个大格，其夹角为30°×2.5=75°，故3时30分时时针与分针的夹角不为直角，错误；

B、9时30分时，时针与分针间有3.5个大格，其夹角为30°×3.5=105°，故9时30分时时针与分针的夹角不为直角，错误；

C、8时55分时，时针与分针间有2+

55

60

个大格，其夹角为30°×2

55

60

=82.5°，故8时55分时时针与分针的夹角不为直角，错误；

D、6时

180

11

分时，时针与分针的夹角为（6+

180

11

÷60）×30°-

180

11

×6°=90°，故6时

180

11

分时时针与分针的夹角为直角，正确；

故选D．