参考答案：B

解析：考查复合命题推理。题干是一个充分条件假言命题，而其后件又是一个相容选言命题。由题干最后一句可知"输入正确"，即否定了其中一个选言肢，并不能否定整个后件，因此不能确定程序设计是否有问题，故A、C两项错误；而若加上"硬件没有故障"这一条件，则否定了后件，可以推出否定的前件，即"程序设计有问题"，因此B项正确：而若加上"硬件有故障"这一条件，则肯定后件不能推出肯定的前件，D项错误。故选B。