质数是指在一个大于0的自然数中，除了1和它本身外，再没有其它的因数；

合数是指一个数除了1和它本身两个因数外，还有别的因数；

因为1既不是质数也不是合数，所以在1～100的自然数中，除了1既不是质数也不是合数外，其它的数要么是质数，要么是合数，所以共有99个．

故答案为：99．