生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因（遗传）的多样性和生态系统的多样性．基因的多样性是指物种的种内个体或种群间的基因变化，不同物种（牡丹和小麦）之间基因组成差别很大，生物的性状是由基因决定的，生物的性状千差万别，表明组成生物的基因也成千上万，同种生物如牡丹（有白花、红花等）基因也有差别，每个物种都是一个独特的基因库．基因的多样性决定了种类的多样性，不同种类的生物与环境又构成了不同的生态系统，因此，襄阳古隆中已成为继我国洛阳、菏泽之后第三大牡丹观赏基地，面积达15亩，243个品种，一万余株，牡丹种类多样性的实质是基因的多样性．故C符合题意．

故选：C．