生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因（遗传）的多样性和生态系统的多样性．生物种类的多样性是指一定区域内生物钟类（包括动物、植物、微生物）的丰富性．基因的多样性是指物种的种内个体或种群间的基因变化，不同物种之间基因组成差别很大，生物的性状是由基因决定的，生物的性状千差万别，表明组成生物的基因也成千上万，同种生物之间的基因也有差别，每个物种都是一个独特的基因库．基因的多样性决定了生物种类的多样性，因此生物种类的多样性实质上是基因的多样性．由上可知，生物物种和品种如此多样的内在原因是基因（遗传）的多样性．

故选：D