A、在制作洋葱鳞片叶表皮细胞实验中，开始时用滴管向载玻片中央滴加的液体是清水．因为洋葱是植物细胞有细胞壁，吸水也不会胀破，可以用清水，该选项正确；

B、盖盖玻片时，先使它的一边接触载玻片上的水滴，然后再缓缓的盖在水滴上，该选项正确；

C、不能用洁净的擦镜纸擦拭载玻片和盖玻片，应该用洁净的纱布擦．故选项错误；

D、遮光器上的光圈和反光镜，可以调节光线的强弱，当光线偏暗时，应选用凹面镜和大光圈，该选项正确；

故选：C