A、次氯酸由三种元素组成，不符合题意；

B、臭氧由一种元素组成，不符合题意；

C、氢氧根离子不能表示物质，也不能表示物质的分子，不符合题意；

D、二氧化碳由两种元素组成，且每个分子中有三个原子，符合题意，正确．

故选D．