A、由过氧乙酸化学式可知，过氧乙酸是由碳、氢、氧三种元素组成的，故选项说法正确．

B、分子是由原子构成的，过氧乙酸分子中含有氧原子，而不是氧分子，故选项说法错误．

C、一个过氧乙酸分子是由二个碳原子、三个氧原子、四个氢原子构成，故选项说法错误．

D、过氧乙酸中碳、氢、氧元素的质量比为（12×2）：（1×4）：（16×3）=6：1：12，故选项说法正确．

故选AD．