答案：D

题目分析：本题考查学生对近代不平等条约内容的理解，回顾已学知识可知19世纪40～60年代是资本主义列强商品输出阶段，所签订的条约主要涉及输出商品的各种便利。反之，19世纪90年代是资本主义列强向帝国主义过渡阶段，资本输出是其经济侵略的主要方式，清政府与列强签订的条约必然增加这方面的内容，《马关条约》中允许日本在中国办厂，反映了帝国主义对中国的侵略进入了一个新的阶段，即由原来的商品输出到资本输出，符合题意。故选D。