答案：B

题目分析：A.变形虫属于单细胞动物，水绵属于藻类植物，香菇属于真菌，不是植物，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低，不符合题意；

B.衣藻属于单细胞藻类植物，灵芝属于真菌，豌豆属于植物，亲缘关系较近，共同特征较多，细胞的相似度高，符合题意；

C.小麦、番茄属于种子植物门，乳酸菌属于细菌，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低，不符合题意；

D.大肠杆菌属于细菌，酵母菌、霉菌属于真菌，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低，不符合题意；

故选B。