如图，Ⅰ包括Ⅱ和Ⅲ，Ⅱ和Ⅲ是并列关系．

A、人脑包括大脑、小脑和脑干，可见三者是并列关系，不符合题意．

B、衣藻由一个细胞构成，属于单细胞的生物，噬菌体病毒，无细胞结构，只有蛋白质的外壳和内部的遗传物质，可见Ⅰ只包括Ⅲ，不包括Ⅱ，Ⅱ和Ⅲ也不是并列关系，不符合题意．

C、种子包括种皮和胚，胚由胚芽、胚轴、胚根、子叶四部分构成，可见、Ⅱ胚和Ⅲ子叶不是并列关系，不符合题意．

D、蝙蝠和鲸的生殖特点都是胎生哺乳，都属于哺乳动物，可见，Ⅰ哺乳动物包括Ⅱ蝙蝠、Ⅲ鲸，Ⅱ蝙蝠和Ⅲ鲸之间是并列关系，符合题意．

故选：D