A、蜜蜂、蜂鸟、蝙蝠都会飞，都有翅．会飞属于生活习性，有翅属于外部特征，不符合题意．

B、鲸鱼、娃娃鱼、鲫鱼都生活在水中，把它们分为同类是根据其生活环境，不符合题意．

C、青蛙、扬子鳄、龟，青蛙属于两栖动物，心脏是两心房一心室，且肺比较简单需要皮肤辅助呼吸．扬子鳄和龟属于爬行动物，心脏是两心房一心室，但心室内有不完全的隔膜．肺比较发达，因此不能分为同类．不符合题意．

D、蝙蝠、鲸鱼、猫的体内都有脊椎骨构成的脊柱，根据这一内部构造的特点可以把它们归为脊椎动物．且都属于哺乳动物，体内都有膈，心脏都是四腔等，内部构造基本相同．符合题意．

故选：D