参考答案：D

解析：最高人民法院《关于执行(中华人民共和国行政诉讼法)若干问题的解释》第7条规定，复议决定有下列情形之一的属于“改变原具体行政行为”：……②改变原行为所适用的规范依据且对定性产生影响的……起诉时被告为复议机关。本案甲市乙县药监局以该厂违反《药品管理法》第49条第1款关于违法生产药品规定，决定没收药品并处罚款20万元。药厂不服向县政府申请复议，县政府依《药品管理法》第49条第3款关于生产劣药行为的规定，决定维持处罚决定。县政府改变原行为所适用的规范依据且对定性产生影响，复议决定改变原具体行政行为，药厂起诉，县政府为被告。被告为县、市、省部级政府，由中级人民法院管辖。本案药厂起诉县政府，由甲市中级法院管辖。故D正确。
[考点] 行政诉讼的被告和管辖