A、调查阿克苏市居民日平均用水量，不必全面调查，只要了解大概的数据即可，故选项错误；

B、了解全国食盐加碘情况，所费人力、物力和时间较多，不适合全面调查，故选项错误；

C、调查某棉花新品种的发芽率，调查具有破坏性，不适合全面调查，故选项错误；

D、保证“神舟6号”载人飞船的成功发射，对每个部件的检查是必须的，不需保证万无一失，因而必须采用普查的方式，故选项正确．

故选D．