地壳中元素含量排在前三位的元素是：氧、硅、铝．

A、CO₂、H₂O中含有C、H、O三种元素，没有全部包含地壳中含量最多的三种元素，故选项错误．

B、CO₂、Al₂O₃中含有C、O、Al三种元素，没有全部包含地壳中含量最多的三种元素，故选项错误．

C、Fe₂O₃、SO₃中含有Fe、O、S三种元素，没有全部包含地壳中含量最多的三种元素，故选项错误．

D、SiO₂、Al₂O₃中含有Si、Al、O三种元素，包含地壳中含量最多的三种元素，故选项正确．

故选D．