答案：C

分析：设这两种实验都做对的有x人，根据九（3）班的50名同学进行物理、化学两种实验测试，经最后统计知：物理实验做对的有40人，化学实验做对的有31人，两种实验都做错的有4人可列方程求解．

解：设这两种实验都做对的有x人，

（40-x）+（31-x）+x+4=50，

x=25．

故都做对的有25人．

故选C．