参考答案：首先，上海天颐置业有限公司在受让北京华瑞商行有限责任公司持有北京天华置业有限公司的3.1%股权时仅涉及缴纳印花税，不涉及其他税种。
其次，上海天颐置业有限公司在转让北京天华置业有限公司100%股权时主要涉及企业所得税、印花税，不涉及营业税。
1．企业所得税
根据《企业所得税实施条例》第十六条规定，企业所得税法第六条第(三)项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。企业应当按照从财产受让方已收或应收的合同或协议价款确定转让财产收入金额。
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函[2009]698号)规定：
“一、本通知所称股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权(不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票)所取得的所得。
三、股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。
股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
四、在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。”
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)进一步明确：
“三、关于股权转让所得确认和计算问题
企业转让股权收入，应于转让协议生效，且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”
2．印花税
根据《印花税暂行条例》第二条及《印花税税目税率表》第十一项的规定，产权转移书据应按所载金额的万分之五贴花。《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》(国税发[1991]155号)第十条明确：产权转移书据中“财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。”这里的“企业股权转让所立的书据”是指未上市公司股权转让所书立的书据，不包括上市公司股票转让所书立的书据。上海天颐置业有限公司股权转让应该按所载金额的万分之五贴花。
3．营业税
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)明确规定，“对股权转让不征收营业税。”