参考答案：E

解析：虫媒隔离适用于以昆虫为媒介的传染病。细菌性痢疾和霍乱均为消化道传染病，而流行性脑脊髓膜炎和麻疹则为呼吸道传染病。流行性乙型脑炎属虫媒传播的传染病，其传播媒介为蚊子。因此，上述疾病中，只有流行性乙型脑炎应采取虫媒隔离。