C 

解：A、对一批牛奶的质量的调查，由于具有破坏性，应当使用抽样调查，故本选项错误；

B、对调查重庆市中学生上网的情况的调查，由于人数多，进入渠道多，不易全面掌握进入的人数，故应当采用抽样调查；

C、对调查航天飞船上各零件的质量的调查，因为调查的对象比较重要，应当采用全面调查，故本选项正确；

D、对万州区学生每天体育锻炼时间的调查，人数多，耗时长，应当采用抽样调查的方式，故本选项错误．

故选C．