答案：D

题目分析：根据总体、个体、样本、样本容量的概念结合选项选出正确答案即可：

A、2013年昆明市九年级学生的数学成绩是总体，原说法错误，故本选项错误；

B、每一名九年级学生的数学成绩是个体，原说法错误，故本选项错误；

C、1000名九年级学生的数学成绩是总体的一个样本，原说法错误，故本选项错误；

D、样本容量是1000，该说法正确，故本选项正确。

故选D。