A、河水经过过滤处理后，得到的水含有水、可溶性钙镁化合物等物质，属于混合物，故A错误．

B、澄清的河水中可能含有对人体有害的物质，不能直接饮用，故B错误；

C、自来水的经过滤、消毒杀菌后的饮用水，要煮沸后饮用，故C错误；

D、纯净水中缺少对人体有益的微量元素和无机矿物质，所以长期饮用纯净水对身体健康不一定有益，故D正确．

故选D．