答案：D

题目分析：大气圈、水圈、生物圈和岩石圈是构造自然地理环境的四大圈层。而生物圈渗透于其他圈层之间，故判断①为生物圈，而岩石圈分布于四大圈层的最底部，故③为岩石圈，D项正确。

点评：本题难度一般，学生只要掌握自然地理环境四大圈层的基本分布概况和各个圈层的分布特征即可判断。