A、显微镜的镜头上有灰尘，不能用手擦拭，因为灰尘是颗粒能够划伤显微镜；

B、镜头上有金属结构，放到水中洗若不及时弄干会生锈，镜头上也会留下水痕迹．

C、对着镜头呵气，再用衣服的角擦拭干净，这种做法是不正确的，因为对镜头呵气，也不能除去灰尘，用衣服角擦拭镜头，可能会划伤镜头；

D、镜头纸是专门擦拭镜头的，沿着一个方向擦可减少对镜头的划伤；

故选：D