因为关于x的函数y=（a-3）x²-（4a-1）x+4a的图象与坐标轴只有两个交点，即与x轴、y轴各有一个交点．

所以此函数若为二次函数，则b²-4ac=[-（4a-1）]²-4（a-3）×4a=0，

即40a+1=0，

解得：a=-

若a=0，二次函数图象过原点，满足题意．

若此函数为一次函数，则a-3=0，所以a=3．

所以若关于x的函数y=（a-3）x²-（4a-1）x+4a的图象与坐标轴只有两个交点，则a=3或0或-

故选：D．